5. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
5.1. Skarga kasacyjna zasługuje na uwzględnienie, albowiem zasadny okazał się zarzut naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. poprzez brak odniesienia się przez sąd I instancji do zarzutu naruszenia art. 59 § 1 pkt 9 i art. 70 § 1 w związku z art. 70 § 6 pkt 1 O.p., w zakresie instrumentalnego charakteru wszczęcia w tej sprawie postępowania karnego skarbowego.
5.2. Nie można bowiem zgodzić się z sądem pierwszej instancji, że w ramach ograniczeń wynikających z art. 153, art. 170 i art. 190 p.p.s.a. mieści się kwestia przedawnienia - niezakwestionowana na wcześniejszym etapie postępowania sądowego (przez sąd z urzędu, a także przez skarżącego), obejmująca zagadnienie instrumentalnego wszczęcia postępowania karno-skarbowego w kontekście uchwały NSA z dnia 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21. Przypomnieć należy, że wyrokiem z 25 kwietnia 2018 r., sygn. akt I SA/Łd 18/18 WSA w Łodzi uchylił tę zaskarżoną decyzję. Skargę kasacyjną od tego wyroku wniósł organ, a NSA ją uwzględnił wyrokiem z dnia 21 kwietnia 2022 r., sygn. akt I FSK 1666/18, uchylając zaskarżony wyrok i przekazując sprawę do ponownego rozpoznania WSA w Łodzi. W konsekwencji pomimo tego, że w międzyczasie zapadła uchwała NSA z 24 maja 2021 r. podatnik, nie będąc autorem skargi kasacyjnej, nie mógł jej uzupełnić o tę materię, a NSA nie miał możliwości odnieść się do niej (mimo że znał już treść uchwały), ponieważ nie była ona objęta sformułowanymi przez organ zarzutami. Tymczasem mamy do czynienie tutaj z tzw. nowością normatywną, która może być przedmiotem analizy w po raz kolejny rozpatrywanej sprawie i nie można mówić w tym zakresie o ograniczeniach wynikających z art. 153, art. 170 i art. 190 p.p.s.a., ponieważ nie były one objęte namysłem argumentacyjnym w ramach wcześniej wydanych wyroków. Wskazana nowość normatywna związana jest ściśle z procesem wykładni dokonanym w uchwale NSA z 24 maja 2021 r., I FPS 1/21, w której wskazano, że ocena przesłanek zastosowania przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p. mieści się w granicach sprawy sądowej kontroli legalności tej decyzji.
W uchwale tej wskazano, że analiza prawidłowości zawieszenia biegu terminu przedawnienia na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p. dokonywana przez sąd w ramach rozpatrywania sprawy sądowoadministracyjnej powinna obejmować zbadanie kwestii formalnych związanych z wydaniem we właściwym czasie przez odpowiedni organ postępowania przygotowawczego postanowienia na podstawie art. 303 k.p.k w zw. z art. 113 § 1 k.k.s. o treści, z której wynika związek podejrzenia popełnienia przestępstwa lub wykroczenia z niewykonaniem zobowiązania podatkowego. W konsekwencji chodzi o ustalenie, czy na tle okoliczności danej sprawy podatkowej, związanych z bytem zobowiązania podatkowego, wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie miało pozorowanego charakteru i nie służyło jedynie wstrzymaniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Naczelny Sąd Administracyjny w powołanej uchwale stanął na stanowisku, że w ramach oceny stosowania art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p. sąd administracyjny bada tylko, czy nie doszło do instrumentalnego zastosowania prawa z punktu widzenia nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Natomiast nie ocenia wprost ani czasu, ani zasadności wszczęcia postępowania karnego skarbowego z punktu widzenia sprawy karnej skarbowej.
5.3. W tym kontekście ważne jest spostrzeżenie zaprezentowane przez NSA w wyroku z 6 lipca 2023 r., sygn. akt I FSK 34/20, zgodnie z którym "nadużycie prawa przez organ podatkowy w kontekście zastosowania art. 70 § 6 pkt 1 O.p., wyraża się wszczęciem postępowania w sprawie karnej skarbowej (niezależnie od daty tego wszczęcia), motywowanym nie względami prawa karnego skarbowego, ale chęcią doprowadzenia do zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego na podstawie tej normy. Właśnie w celu zapobiegania takiemu nadużyciu prawa sądy administracyjne są władne analizować karnoprawne przesłanki inicjowania postępowania prowadzonego na podstawie przepisów k.k.s. po to, aby ocenić, czy działanie to nie zostało podjęte jedynie dla uzyskania efektu w płaszczyźnie prawa podatkowego, tzn. dla oddziaływania na bieg terminu przedawnienia skonkretyzowanej powinności podatkowej".
5.4. NSA w cytowanej uchwale uznał, że o braku woli realizowania celów postępowania karnego skarbowego, a tym samym sztucznym wykorzystaniu instrumentu z tego postępowania do przedłużenia terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, może świadczyć, np. brak realnej aktywności organów postępowania przygotowawczego po wszczęciu takiego postępowania. W niniejszej sprawie strona skarżąca zarzuca organowi prowadzącemu postępowanie karne, m.in. właśnie taką bierność, jak również wskazuje na szereg innych okoliczności istotnych jej zdaniem dla stwierdzenia instrumentalności wszczęcia postępowania karnoskarbowego w tej sprawie.
5.5. Mając na uwadze dwuinstancyjność postępowania sądowoadministracyjnego, do argumentacji tej powinien się odnieść w pierwszej kolejności sąd pierwszej instancji, w sytuacji kiedy nie uczynił tego w zaskarżonym wyroku.
5.6. W konsekwencji zaskarżony wyrok należało uchylić na podstawie art. 185 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2023 r. poz. 1634; dalej: p.p.s.a.) z uwagi na trafność zarzutu naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. w związku z art. 59 § 1 pkt 9 i art. 70 § 1 oraz art. 70 § 6 pkt 1 O.p. i przekazać sprawę do ponownego rozpoznania sądowi pierwszej instancji, w celu merytorycznego odniesienia się do argumentacji skargi podatnika podniesionej w tym zakresie.
Jeżeli nie są Państwo zadowoleni z wyniku postępowania administracyjnej i są zdecydowani na wniesienie skargi kasacyjnej prosimy o kontakt.